La historia toma lugar entre el 16 y el 24 de diciembre, un mes después del festival cultural. Acercándose las vacaciones de invierno, la Brigada SOS, liderada por Haruhi Suzumiya, planea hacer una fiesta de nabe para Navidad. Sin embargo, el 18 de diciembre, Kyon llega al instituto para descubrir que todo ha cambiado. Haruhi y Itsuki Koizumi han desaparecido, Yuki Nagato es una estudiante normal con sentimientos, Ryoko Asakura, quién había sido eliminada por Yuki, también es una estudiante normal y Mikuru Asahina no le reconoce. La única pista que tiene es un marcapáginas que le dejó Yuki, que lleva a Kyon en un viaje a través del tiempo relacionado con la historia del episodio Rapsodia de una Hoja de Bambú, intentando resolver el misterio y restaurar su línea temporal.
REPARTO DE VOCES
| Tipo | Película |
| Nombre | La desaparición de Haruhi Suzumiya |
| Duración | 163 minutos |
| Dirección / Guión | Germán Vásquez |
| Casting / Edición | Germán Vásquez |
| Personaje | Voz Original | Voz del fandub |
| Kyon | Tomokasu Sugita | Brandon López |
| Haruhi Suzumiya | Aya Hirano | Sonia Esnedy |
| Mikuru Asahina | Yuko Goto | Martha Martínez |
| Yuki Nagato | Minori Chihara | Tanya Rodríguez |
| Itsuki Koizumi | Daisuke Ono | Felipe Waldhorn |
| Ryoko Asakura | Natsuko Kuwatani | Susan Rivero |
| Kunikida | Megumi Matsumoto | Jorge Bringas |
| Taniguchi | Minoru Shiraishi | Rafael Escalante |
| Hermanita de Kyon | Sayaka Aoki | Diana Ramos |
| Tsuruya | Yuki Matsuoka | Liliane Wu |
| Profesor Okabe | Eiji Yanagisawa | Jorge Bringas |
| Voces adicionales | Susana Guajardo Óscar Sánchez Adriana Guerrero Katherin Villon Gherald De Fonseca | |
| Tema de apertura Bouken Deshou D. | Aya Hirano | Sonia Esnedy |
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